Οι αρμοδιότητες της Ιατρικής Υπηρεσίας περιλαμβάνουν την προώθηση και προαγωγή της υγείας, την εκπαίδευση του προσωπικού που στελεχώνει την υπηρεσία, την παροχή υπηρεσιών υγείας, τον προγραμματισμός και τον έλεγχο των παρεχόμενων υπηρεσιών υγείας και την κατάρτιση πρωτοκόλλων για την παροχή και ανάπτυξη των παρεχομένων ιατρικών υπηρεσιών από τη Διεύθυνση, τους τομείς και τα τμήματα. Επίσης είναι αρμόδια για την οργάνωση και προώθηση της έρευνας, την συνεργασία με τις άλλες υπηρεσίες του νοσοκομείου για την συνεχή βελτίωση των παρεχομένων υπηρεσιών υγείας, την εποπτεία της εφημερίας και της αποτελεσματικής λειτουργίας των νοσοκομειακών κλινών καθώς και την επιστημονική εποπτεία της λειτουργίας των Εξωτερικών Ιατρείων, των Επειγόντων Περιστατικών και των Χειρουργείων.
Η Ιατρική Υπηρεσία του Γενικού Νοσοκομείου Καβάλας διαρθρώνεται στους παρακάτω τομείς:
- Παθολογικός Τομέας
- Χειρουργικός Τομέας
- Εργαστηριακός Τομέας
- Τομέας Ψυχικής Υγείας
Σε κάθε Τομέα προΐσταται Διευθυντής Ιατρός με ειδικότητα που εντάσσεται στον Τομέα. Περιλαμβάνονται επίσης τα Διατομεακά και Λοιπά Τμήματα.
Σημειώνεται ότι το Νοσοκομείο παρέχει υπηρεσίες σε ασθενείς με ψυχικά και νοητικά προβλήματα μέσω του προγράμματος «ΨΥΧΑΡΓΩΣ».