Το Τμήμα Πρωτοκόλλου είναι υπεύθυνο για την γραμματειακή υποστήριξη όλων των ιατρικών και νοσηλευτικών τμημάτων και μονάδων του νοσοκομείου, ενώ έχει και την ευθύνη παροχής πληροφοριών γενικής φύσεως προς το κοινό και τους ασθενείς. Είναι επίσης υπεύθυνο για την διατήρηση αρχείου, την τήρηση του γενικού πρωτοκόλλου και την διακίνηση της αλληλογραφίας (και της ηλεκτρονικής), βεβαιώνει το γνήσιο της υπογραφής και επικυρώνει αντίγραφα.